Warszawscy ewangelicy reformowani zarejestrowali swoją parafię na terenie jurydyki Leszno bardzo późno, bo dopiero w 1776 r., tzn. wtedy, kiedy przyznanie praw dysydentom (w 1768 r.) unieważniło dekret wydany przez księcia Janusza Mazowieckiego w 1525 r., zabraniający innowiercom pod karą śmierci osiedlania się na Mazowszu i w Warszawie. W 1583 r. nakazano ewangelikom opuszczenie miasta. Chociaż prawo to nie było restrykcyjnie stosowane, skutecznie udaremniało naszym przodkom publiczne wyznawanie wiary - zakładanie zborów (parafii) i budowanie kościołów. Na uroczystości religijne i nabożeństwa musieli oni jeździć aż do Węgrowa na Podlasiu.
W rok po zarejestrowaniu parafii poświęcono pierwszy skromny kościół ewangelicko-reformowany w stolicy (dziś mieści się tam Warszawska Opera Kameralna). Niebawem zbudowano też plebanię według projektu Szymona Bogumiła Zuga.
30 października 1866 r. przystąpiono do budowy nowego kościoła, zaprojektowanego w stylu neogotyckim - i z zastosowaniem bardzo modnego wówczas żeliwa - przez członka parafii Adolfa Loewego, znanego warszawskiego architekta. Ze względu na ogromne koszty przedsięwzięcia budowa trwała aż 14 lat. Uroczystość poświęcenia kościoła w dniu 24 października 1880 r. stała się wydarzeniem w życiu miasta. Mniej więcej w tym samym czasie parafia założyła w ofiarowanym jej pałacu Działyńskich szkołę elementarną, przytułek dla sierot (w 1881 r.) oraz dom starców i kalek (w 1900 r.).
w wolnej Polsce
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 r. stołeczny zbór ewangelicko-reformowany bez przeszkód rozwijał różne formy pracy wśród dorosłych i dzieci. Powstało Stowarzyszenie Młodzieży, Koło Misji Wewnętrznej i Koło Pań. Regularnie odbywały się cotygodniowe zebrania biblijne, ewangelizacyjne i próby chóru. Organizowano wspólne wycieczki za miasto, odczyty i koncerty, z których dochód przeznaczano na cele charytatywne. Pracą wśród chorych i ubogich zajmowały się pastorowe, parafianki z Koła Pań i diakonise. Systematycznie prowadzono zajęcia w szkole niedzielnej. Organizowano też kolonie dla dzieci w letniskowej posiadłości ofiarowanej parafii przez rodzinę Czapków.
W latach 1924-1928 zbór wydawał "Żagiew Chrystusową", pismo poświęcone misji, a od 1926 r. do wojny 1939 r. - "Jednotę", najpierw jako organ Kolegium Kościelnego (rady parafialnej), następnie jako czasopismo ogólnokościelne. W 1931 r. ukazał się nakładem parafii nowy śpiewnik z nutami.
II wojna światowa
Czasy okupacji niemieckiej należały do najtrudniejszych w dziejach naszego miasta i zboru. W kampanii wrześniowej 1939 r., a później w konspiracji (głównie w Armii Krajowej oraz Delegaturze Rządu na Kraj) uczestniczyło wielu członków naszej stołecznej parafii. Z chwilą utworzenia getta zabudowania parafialne znalazły się w bezpośrednim sąsiedztwie dzielnicy żydowskiej, tworząc swoistą, odgrodzoną murem enklawę. To położenie ułatwiło naszym parafianom, a zwłaszcza duchownym, niesienie różnorodnej pomocy Żydom po tzw. aryjskiej stronie, m.in. zaopatrywanie ich w fałszywe dokumenty wystawiane przez parafialną kancelarię.
W czasie okupacji warszawscy ewangelicy reformowani dzielili los innych mieszkańców stolicy: byli rozstrzeliwani na ulicach, więzieni na Pawiaku i w gestapo na Szucha, chwytani w łapankach, wywożeni na roboty i do obozów koncentracyjnych. W Powstaniu Warszawskim zginęła duża grupa młodych żołnierzy Armii Krajowej rekrutujących się z członków naszego zboru. W Dachau zmarł - zabrany tam z Powstania - jeden z warszawskich księży. Inny, będący ewangelickim kapelanem Wojska Polskiego, został zamordowany w Katyniu obok kilkunastu oficerów ewangelicko-reformowanego wyznania, przed wojną należących do warszawskiej parafii. Wielu parafian zaginęło bez wieści. Część rozproszyła się po świecie i Polsce i nigdy już nie wróciła do Warszawy.
Spłonęły budynki parafialne na Lesznie, obie zakrystie i prezbiterium z centralnie umieszczoną drewnianą kazalnicą (nigdy nie została zrekonstruowana), ale reszta kościoła ocalała, nie wyłączając wieży - wówczas najwyższej w mieście - całej postrzelanej i przygotowanej przez Niemców do wysadzenia.
Bardzo poważne zniszczenia dotknęły parafialny cmentarz przy ul. Żytniej 42, gdzie w pierwszych dniach sierpnia 1944 r. ciężkie walki toczyli z Niemcami żołnierze batalionu "Parasol".
wkrótce po wojnie
Niewielka grupa ocalałych parafian przystąpiła do odbudowy zniszczeń. Pierwsze nabożeństwa odbywały się w udostępnionej przez metodystów kaplicy przy placu Zbawiciela. Mimo bardzo trudnych warunków egzystencjalnych spowodowanych nie tylko sytuacją powojenną, lecz także realiami stworzonymi Kościołom przez nowe władze polityczne, społeczność ewangelicko-reformowana z wolna powracała do życia, skutecznie głosząc Słowo Boże i dając świadectwo swej wiary. Warto tu odnotować, że remontowany etapami kościół służył w tamtych czasach także warszawskim luteranom, których piękna świątynia na placu Małachowskiego spłonęła we wrześniu 1939 r.
Warunki lokalowe bardzo się poprawiły, kiedy w 1958 r. parafia odzyskała użytkowaną przez wojsko swoją plebanię (pałacyk Zuga), gdzie oprócz pomieszczeń parafialnych i mieszkania biskupa znalazły swą siedzibę: Konsystorz Kościoła Ewangelicko-Reformowanego (najwyższy organ wykonawczy), redakcja reaktywowanej w 1957 r. "Jednoty", pełniącej odtąd funkcję czasopisma ogólnokościelnego poświęconego sprawom polskiego ewangelicyzmu i ekumenii, a w latach 1960-1974 Polska Rada Ekumeniczna.
Zbór warszawski bardzo dużo zawdzięcza swoim duchownym - ich przygotowaniu teologicznemu, gorliwości w głoszeniu Słowa Bożego i wrażliwości na ludzkie potrzeby.