Parafia Ewangelicko-Reformowana w Warszawie przynależy do Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w RP (KER) działającego w Polsce na mocy Ustawy z dnia 13 maja 1994 r. o stosunku Państwa do Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w RP.

Kościół ewangelicko-reformowany na ziemiach Rzeczypospolitej Polskiej działa jako zorganizowana struktura od połowy XVI w. Należy on do światowej rodziny Kościołów chrześcijańskich wywodzących się ze szwajcarskiego nurtu Reformacji i jest członkiem Światowej Wspólnoty Kościołów Reformowanych. Naszych współwyznawców we Francji nazywano dawniej „hugenotami”, a w kręgu kultury anglosaskiej mówi się o nich „prezbiterianie”. Na nauczanie i organizację Kościoła zasadniczy wpływ wywarły między innymi myśli Jana Kalwina (1509–1564) oraz żyjącego nieco wcześniej Ulricha Zwingliego (1484– 1531). Więcej na temat historii naszego Kościoła i teologii ewangelicko-reformowanej znajduje się w zakładce historia oraz teologia.

Pracą parafii kieruje Kolegium Kościelne wraz z proboszczem (pastorem) wchodzącym w jego skład. Kontrolę nad pracą Kolegium Kościelnego sprawuje komisja rewizyjna. Kolegium Kościelne, komisję rewizyjną oraz proboszcza wybiera Ogólne Zgromadzenie Zboru, czyli wszyscy dorośli członkowie parafii opłacający składkę. Więcej informacji o ustroju Kościoła ewangelicko-reformowanego przeczytać można w zakładce demokracja w Kościele.

Proboszczem parafii od roku 2008 jest ks. Michał Jabłoński, absolwent Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie i wydziału teologii ewangelickiej New College Uniwersytetu w Edynburgu. Ks. Michał Jabłoński został ordynowany na pastora KER 25 maja 1995 r. Przed objęciem parafii warszawskiej służył w parafiach w Pstrążnej i Strzelinie. Zakres obowiązków proboszcza określa wokacja. 

W skład Kolegium Kościelnego wchodzą:  Andrzej Matyszkiewicz (wiceprezes), ks. Michał Jabłoński (proboszcz), ks. Roman Lipiński, Wojciech Baran, Paulina Osińska, Barbara Rayska i Monika Polkowska (diakon).

Członkami komisji rewizyjnej są: Tadeusz Kuśmierowski (przewodniczący), Marek Magdziak i Grzegorz Ostaszewski.